공공 R&D 분야는 과학기술의 발전과 경제 성장에 이바지함을 목표로, 국가 차원의 투자와 활동의 자율성을 보장받고 있다. 하지만 팬데믹을 기점으로 세계 경제 위기 심화, 선진국의 자원 무기화, 투자?공급망 양극화 등이 맞물리며 투자 대비 R&D 성과의 효율성이 기관 운영의 중요한 요소가 되었다. 이에 본 연구에서는 공공 R&D 분야를 관리체계 차이에 따라 국가과학기술연구회(NST) 산하 ‘정부출연연구기관’과 개별 정부 부처 산하 ‘특정연구기관’ 두 가지 유형으로 분류하고 자료포락분석-윈도우(DEA-WINDOW)를 활용하여 2018년부터 2022년까지 양 자간 성과효율성을 비교 분석하였다. 분석 결과에 따르면 논문, 특허, 기술이전과 같은 양적 성과는 특정연구기관이 더 높은 성과효율성을 보였으며 기술료, 기술이전 성공률?경쟁력과 같은 양적?질적 성과는 정부출연연구기관이 더 높은 성과효율성을 보였다. 특히 기술이전 경쟁력은 그 격차가 갈수록 벌어지는 것을 확인하였다. 본 연구 결과는 질적 성과효율성 향상-공공 R&D 규모의 확대-혁신?도전적 R&D 촉발-기술경쟁력 확립의 선순환이 중요해진 최근의 과학기술계 환경 속에서, 공공 R&D 관리 정책 수립을 위한 참고 자료로 활용될 수 있을 것이라 기대된다.